部队乘船是水战玩法的核心操作之一，尤其在赤壁之战、襄樊之战等以水域为主的剧本中更为关键。要实现部队乘船，首先需确保水道两端存在我方港口或水军营地。玩家需在编制部队界面选择目标部队，将其移动至港口或水军营地，当两端设施满足条件时即可完成水上调度。船只类型分为走舸、蒙冲、斗舰、楼船等，高级舰船需通过升级船坞解锁，且战斗中若部队被击败，舰船会损毁需重建。水军适性直接影响战斗表现，可通过船坞等级提升武将的水战能力。
部队乘船的具体流程分为编队、移动和航行三个阶段。编队阶段需在外武将点击回城后进入部队调整界面，选择适合水战的兵种组合；移动阶段需将部队部署至港口或水军营地，系统会自动判定是否满足航行条件；航行阶段部队将沿水道行进，期间可能遭遇敌方拦截触发水战。赤壁之战剧本中，水上行军速度受舰船特性影响，例如蒙冲的乘浪特性可提升20%速度，而猛进特性需消耗体力实现短时加速。旗舰作为同盟战略设施，可提升周围友军士气恢复速度，但被摧毁会导致全同盟士气下降。
水域作战需注重地形与战术指令的配合。襄樊之战剧本引入的水寨系统允许玩家改装船只，提供神行（加速）、坚韧（减伤）、强攻（增伤）等六种改装选项，需根据行军或战斗需求动态调整。水军指令如焚舟可提升伤害但增加伤兵损失，渡江能获得隐身和先攻优势，接弦可降低敌方群体输出。这些指令需消耗体力，合理规划使用频次是维持战力的关键。水域中的资源地无需连地即可攻打，但需警惕敌方在水上关隘或铁索连环区域的伏击。
部队乘船后的战斗机制与陆地战存在显著差异。水战触发后，武将的水军适性将额外影响属性增益或减益，初始适性较低的武将可通过操练提升至S级。舰船的中级与高级特性需船坞升至特定等级解锁，例如斗舰的压制特性对走舸有3%减伤效果，楼船的岳峙特性可提升25%攻城值。同盟玩法中，水军都督可指挥旗舰参与大规模水战，而焚舟炬敌等同盟秘策能进一步强化战术协同。战败后需及时重建舰船，否则仅能使用基础走舸出战。
维护乘船部队的持续作战能力需兼顾士气与体力管理。士气体现在水战中直接影响伤害输出，可通过回城或原地驻守恢复；体力则限制指令使用频率，每3分钟自然恢复1点。营帐、要塞等设施可提供调兵支持，调动过程中部队不消耗士气且能提升行军速度。水上营地作为战略支点，兼具迁城和快速补给功能，占领后能显著缩短作战半径。需注意雪地、沙漠等特殊地形会降低行军效率，需提前规划航线避开不利环境。
玩家需根据剧本特性配置水战阵容，优先占领关键水域建筑，灵活切换船只改装与指令组合。同盟协作方面应协调旗舰部署与秘策发动时机，通过水域控制权争夺掌握战局主动权。持续优化武将水军适性与舰船科技，是保障大规模水战优势的基础条件。
